την καταστροφή. Ο φύλακας του αρσανά της συνήθως μπορούσε να προειδοποιήσει τη Μονή έγκαιρα όταν πλησίαζαν πειρατές ή άλλοι επιδρομείς. Συχνά όμως οι επιτιθέμενοι κατάφερναν να τον κοροϊδέψουν ή και να τον σκοτώσουν. Μπορούσαν έτσι να πλησιάσουν το Μοναστήρι ανενόχλητοι και να το λεηλατήσουν.
Σχετικά με την ίδρυση και το όνομα της Μονής, η παράδοση αναφέρει ότι κτήτορες ήταν τρείς αδελφοί και μοναχοί, ο Μωυσής, ο Ααρών και ο Ιωάννης από την Αχρίδα, οι οποίοι δεν συμφωνούσαν σε ποιόν Άγιο θα αφιέρωναν τη νεοϊδρυμένη Μονή. Έτσι κλείδωσαν μια ξύλινη πλάκα στο Καθολικό και προσεύχονταν για να τους σταλεί κάποιο ουράνιο μήνυμα. Την ίδια νύκτα, πολλά χιλιόμετρα μακριά από τον Άθω, οι σαρακηνοί επιτέθηκαν και λεηλάτησαν τη Μονή Φανουήλ στην Παλαιστίνη, και η εικόνα του Αγίου Γεωργίου κινδύνευε να καταστραφεί. Τότε έγινε ένα θαύμα και το επόμενο πρωί οι μοναχοί, που προσεύχονταν για το ουράνιο μήνυμα, ανακάλυψαν στην εκκλησία τους την εικόνα του Αγίου Γεωργίου η οποία ήταν "αχειροποίητη". Επίσης λέγεται ότι τη νύκτα η εικόνα εξέπεμπε ένα λαμπρό φως. Από εκείνη την ημέρα η Μονή ονομάστηκε Μονή του (ουράνιου) Ζωγράφου.
Η πρώτη ιστορική πηγή που αναφέρει τη Μονή είναι το πρώτο Τυπικό του 972, ο "Τράγος", που είναι επίσης υπογραμμένο από τον ηγούμενο Γεώργιο της Ζωγράφου. Είναι πολύ πιθανό ότι από τότε ζούσαν βούλγαροι μοναχοί στη Μονή, αλλά δυστυχώς ξέρουμε πολύ λίγα για την ιστορία τους μέχρι το 13ο αιώνα. Στο τέλος περίπου αυτού του αιώνα στρατιώτες του αυτοκράτορα Μιχαήλ Η' Παλαιολόγου σε συνεργασία με τον Πατριάρχη Ιωάννη Βέκκο και οι δυο φοβεροί υποστηρικτές της ένωσης των δυο εκκλησιών βασάνισαν και έκαψαν ζωντανούς 26 φανατικούς ανθενωτικούς μονάχους της Μονής Ζωγράφου. Μνημείο που ανεγέρθη το 1873 στην αυλή κοντά στην είσοδο της Μονής, μας βεβαιώνει ότι το γεγονός διαδραματίστηκε το 1276. Όμως τελικά ο Μιχαήλ ήταν εκείνος που βοήθησε με γενναιόδωρες επιδοτήσεις το "Βουλγάρικο Μοναστήρι."
Οι επιδρομές Καταλανών μισθοφόρων το 1307-1309 προξένησαν μεγάλες καταστροφές. Οι Καταλανοί δολοφόνησαν πολλούς μονάχους, λεηλάτησαν τη Μονή και τελικά έβαλαν πυρκαγιά πυρπολώντας τα περισσότερα κτίρια. Σχεδόν όλα τα οικοδομήματα που σώζονται σήμερα ανήκουν στο 19ο αιώνα. Μετά από αυτές τις καταστροφές, οι Σέρβοι βασιλείς και οι Παλαιολόγοι αυτοκράτορες πρόσφεραν οικονομική υποστήριξη για την ανοικοδόμηση της Μονής. Στα χρόνια της Τουρκικής κατοχής η Ζωγράφου υποστηρίχτηκε επίσης από τους ηγεμόνες των παραδουνάβιων χωρών. Τη σύντομη αυτή περίοδο ευημερίας πολύ γρήγορα τη διαδέχτηκε η παρακμή και η Μονή ερημώθηκε σχεδόν.
Την περίοδο που οι μοναχοί είχαν χάσει κάθε ελπίδα, εμφανίστηκε ένας νέος ευεργέτης, ο Ούγγρος βασιλιάς Στέφανος ΣΤ' ο Καλός, ο οποίος πρόσφερε πολλά στην αναγέννηση της Μονής. Το 1716 κτίστηκε η νοτιοανατολική πτέρυγα. Εκείνο τον καιρό, εκτός από τους Βούλγαρους, ζούσαν στη Μονή Σέρβοι και Έλληνες μοναχοί. Όμως μετά το 1845 μόνο Βούλγαροι κατοικούν στη Ζωγράφου και έτσι η λειτουργία γίνεται μόνο στα βουλγαρικά. Μεταξύ 1862 και 1869 κτίστηκε η βόρεια πτέρυγα και επίσης η οχυρωμένη πύλη, με θύρες από σφυρήλατο σίδηρο που διατηρούνται μέχρι τις μέρες μας. Η τελευταία πυρκαγιά ξέσπασε στη Ζωγράφου το 1976.
Το Καθολικό, κτισμένο το 1800, αγιογραφήθηκε το 1817, ενώ ο νάρθηκας το 1840. Ο θόλος της φιάλης συγκρατείται από οκτώ κίονες. Στο κέντρο της υπάρχει σιντριβάνι διακοσμημένο με λεοντοκεφαλές που στηρίζεται σε μια μαρμάρινη μορφή μοναχού. Από τα 16 παρεκκλήσια, οκτώ βρίσκονται μέσα στην ίδια τη Μονή. Τα δυο σπουδαιότερα είναι το παρεκκλήσι της Παναγίας του Ακάθιστου Ύμνου στην αυλή δίπλα στο Καθολικό, και το παρεκκλήσι των Αγίων Κυρίλλου και Μεθόδιου, που έχει ιδιαίτερα όμορφες τοιχογραφίες. Σχετικά με την εικόνα του Ακάθιστου Ύμνου, λέγεται ότι μια φορά ένας μοναχός έψαλε ολόκληρο τον Ύμνο μπροστά στην εικόνα χωρίς να σταματήσει ούτε μια φορά. Ως ανταμοιβή για την αρετή του η Παναγία, κάποτε που πλησίαζαν πειρατές, τον ειδοποίησε να σημάνει συναγερμό και έτσι σώθηκε η Μονή.
Η καλά τακτοποιημένη βιβλιοθήκη της Μονής που στεγάζεται στον πύργο, περιέχει 10.000 έντυπα βιβλία, αρκετά χειρόγραφα στα ελληνικά, μερικά σπάνια σλαβικά και βουλγαρικά και ιδιαίτερα πολύτιμους κώδικες. Ο σημαντικότερος είναι ο βουλγαρικός κώδικας αρ. 47 το ψαλτήρι του Ραβομίρ, του 13ου αιώνα, διαστάσεων 14x10 εκατ, περιέχει πολλές διακοσμητικές εικονογραφήσεις και μια μοναδική μικρογραφία ενός κάρου που το σέρνουν τέσσερις δράκοι με σώματα πουλιών και κεφάλια σκύλων. Πρέπει επίσης να αναφερθούν τρία σλαβικά χειρόγραφα: το Μηνολόγιον του Ντράγκαν, του 13ου αιώνα, με περιγραφές των βίων των μαρτύρων, ο σλαβικός κώδικας αρ. 28, ένα Τετραευαγγέλιο στα σλαβικά από το 1569 και τέλος ο σλαβικός κώδικας αρ. 1, η πρώτη καταγραφή της ιστορίας της Βουλγαρίας γραμμένη από το μοναχό Παΐσιο το 1745. Στο σκευοφυλάκιο φυλάσσονται λείψανα αγίων και η Παναγία η Επακούουσα για την οπού λέγεται η εξής ιστορία: ο ευσεβής μοναχός Κοσμάς προβληματιζόταν βαθιά για το ποιος ει ναι ο καλύτερος τρόπος να προσεγγίσει κάνεις το Θεό και να σώσει έτσι τη ψυχή του. Καθώς αναρωτιόταν, ξαφνικά άκουσε μια ουράνια φωνή να τον διατάζει να αφήσει τη Μονή και να ζήσει την υπόλοιπη ζωή του ως ερημίτης.
Η Μονή τιμάται του Αγίου Γεωργίου στις 23 Απριλίου.
