σύζυγο του αυτοκράτορα Μαρκιανού, ή στον αυτοκράτορα Κωνσταντίνο Ζ' Πορφυρογέννητο (913-959) ή πάλι στο Ρωμανό Α' Λεκαπηνό. Η πιθανότερη εκδοχή σχετικά με την κτίση της Μονής είναι ότι ιδρύθηκε στο τέλος του 10ου αιώνα, λίγα χρόνια μετά τη Μονή της Μεγίστης Λαύρας, από το μοναχό Παύλο Ξηροποταμηνό. Ο μοναχός αυτός, που υπήρξε και ο πρώτος ηγούμενος της Μονής, ήταν μια από τις ξεχωριστές πνευματικές προσωπικότητες του καιρού του, όπως ήταν ο σύγχρονος του Αθανάσιος ο Αθωνίτης και ήταν ένας από αυτούς που υπόγραψαν το πρώτο Τυπικό του Αγίου Όρους, τον "Τράγο".
Σ' ένα ύψωμα δίπλα στην κοίτη του Ξηροποτάμου, που το χειμώνα και μετά από μεγάλες καταιγίδες φουσκώνει επικίνδυνα, η Μονή άνθησε τον 11ο αιώνα, χάρις σε πόρους που διέθεσαν οι Βυζαντινοί αυτοκράτορες, και έγινε μία από τις ωραιότερες και πλουσιότερες Μονές. Η ευημερία αυτή κράτησε μέχρι τις αρχές του 13ου αιώνα, με εξαίρεση τα χρόνια που η Μονή υπέστη σοβαρές ζημιές από σεισμούς, λεηλασίες από πειρατές και Σαρακηνούς ή αρπαγές από Καταλανούς μισθοφόρους. Μετά την επανάκτηση της Κωνσταντίνου πόλης το Μοναστήρι ενισχύθηκε οικονομικά από τον Παλαιολόγο αυτοκράτορα Μιχαήλ Η' (1259-1282) όπως μαθαίνουμε από ένα χρυσόβουλο ο "χρυσόβουλος λόγος" του Μιχαήλ (1275) ο οποίος κατά την παράδοση επισκέφτηκε τη Μονή. Όταν το 1280 σχεδόν όλα τα οικοδομήματα της Μονής τυλίχτηκαν στις φλόγες, ένας άλλος αυτοκράτορας, ο Ανδρόνικος Β' Παλαιολόγος (1282-1328) διέθεσε τους οικονομικούς πόρους για την ανοικοδόμηση της και πρόσφερε στη Μονή σημαντικές δωρεές. Γι' αυτό υπολογίζεται ως ένας από τους νέους κτήτορες της Μονής.
Το 14ο και 15ο αιώνα, οι βασιλείς της Σερβίας πρόσφεραν μεγάλα χρηματικά ποσά στη Μονή που χρησιμοποιήθηκαν στην οικοδόμηση υψηλών αμυντικών τειχών και πύργου ικανού να αντιμετωπίζει πυρκαγιές. Το 1445 το Καθολικό ανοικοδομήθηκε από την αρχή.
Στη διάρκεια της Τουρκοκρατίας μια ακόμη καταστροφική πυρκαγιά ξέσπασε, το 1507. Η φοβερή καταστροφή που προξένησε η πυρκαγιά αυτή επανορθώθηκε με τις προσπάθειες των μοναχών και χάρη στην οικονομική ενίσχυση του σουλτάνου Σελίμ Α' (+1520). Για τη βοήθεια αυτή η παράδοση αναφέρει την παρακάτω ιστορία.
Μια φορά που ο σουλτάνος Σελίμ Α' βρέθηκε στην Αίγυπτο, μια οπτασία παρουσιάστηκε στον ύπνο του: ...νέοι είχαν περικυκλώσει το στρατό του και του είπαν ότι η οικογένεια του, (ο οίκος των Οθωμανών), θα εξουσιάσει μια τεράστια αυτοκρατορία, με τον όρο να φανεί γενναιόδωρος στο μοναχό που σύντομα θα παρουσιαστεί μπροστά του και θα του απευθύνει κάποιο αίτημα. Ο σουλτάνος, έκπληκτος αλλά και ανήσυχος, συζήτησε το όνειρο του το επόμενο πρωί με τους συμβούλους του και ανακάλυψε ότι όλοι τους είχαν δει παρόμοιο όνειρο το περασμένο βράδυ. Όταν ρώτησε έναν από τους χριστιανούς στρατιώτες του, ονομαζόμενο Γεώργιο, να του εξηγήσει το όνειρο, πληροφορήθηκε τη φοβερή καταστροφή που είχε υποστεί η Μονή Ξηροποτάμου στον Άθω. Ο σουλτάνος Σελίμ Α' γέμισε τη Ξηροποτάμου και όλες τις υπόλοιπες Μονές στον Άθω με πλούσια δώρα. Με την έκδοση δε του περίφημου εγγράφου "Χάτι Σερίφ" (Ιερού Ορισμού) έθεσε εκείνα τα χρόνια το Άγιον Όρος κάτω από την προσωπική του προστασία. Η Μονή Ξηροποτάμου ήταν τότε αφιερωμένη στους Σαράντα Μάρτυρες της Σεβάστειας. Μια ακόμα πυρκαγιά ξέσπασε το 1609 και ξανακτίστηκε με τη βοήθεια των Ρουμάνων ηγεμόνων. Εκείνη την εποχή, η Ξηροποτάμου είχε ανέβει από την ένατη στην όγδοη θέση της αγιορείτικης ιεραρχίας, που την διατηρεί και σήμερα. Με το πέρασμα του χρόνου η Μονή έχασε αρκετά από τα κτήματα της ιδιοκτησίας της.
Μετά το 1760 η Μονή άνθησε ξανά για μια περίοδο, όταν οι οικουμενικοί πατριάρχες Τιμόθεος Β' (1612-1620) και Μεθόδιος Α (1668-1671) πρόσφεραν οικονομική ενίσχυση με σημαντικές επιχορηγήσεις. Όμως πιο ουσιαστική προσφορά ήταν αυτή του Καισάριου Δα-πόντε ο οποίος, πριν γίνει μοναχός, ήταν πρεσβευτής στην αυλή των φαναριωτών ηγεμόνων της Μολδαβίας, Κωνσταντίνου και Ιωάννη Μαυροκορδάτου. Ο Έλληνας αυτός διανοούμενος και ποιητής Καισάριος Δαπόντες ήταν μια εξαιρετική προσωπικότητα της εποχής. Στα πολλά ταξίδια του μπόρεσε και συγκέντρωσε σημαντικά ποσά υπέρ της Μονής Ξηροποτάμου και η μοναστική κοινότητα είχε στην διάθεση της μεγάλα χρηματικά ποσά, ακόμα και μετά την ανακαίνιση των κτισμάτων και την ανέγερση του μεγάλου πύργου. Η μέθοδος του Δαπόντε για την συλλογή χρημάτων, με περιφορά των ιερών λειψάνων και τεμαχίων του Τίμιου Ξύλου για προσκύνημα στη διάρκεια των ταξιδιών του, αργότερα αντιγράφτηκε από άλλους, στις προσπάθειες τους να συγκεντρωθούν τους αναγκαίους πόρους για τις επανειλημμένες επισκευές που χρειάζονταν η Μονή.
Οι τοιχογραφίες του Καθολικού, που οικοδομήθηκε στα 1761 -1763 με τη βοήθεια του Δαπόντε, ζωγραφίστηκαν το 1783 από τους αγιογράφους Κωνσταντίνο, Αθανάσιο και Ναούμ από την Κορυτσά. Παρά το γεγονός ότι είναι σχετικά πρόσφατες, οι τοιχογραφίες αυτές είναι υπέροχης ποιότητας. Στο Καθολικό βρίσκεται η επιγραφή την οποία επινόησε ο Δαπόντες το 18ο αιώνα, χαραγμένη δίπλα στο δικέφαλο αετό, η οποία αναφέρει το έτος 6438 από τη δημιουργία του κόσμου, δηλαδή το έτος 930 συμφωνά με το δικό μας ημερολογιακό σύστημα. Εκτός από το θαυμάσιο ξυλόγλυπτο τέμπλο, υπάρχουν 200 φορητές εικόνες στο ναό. Η φιάλη του αγιασμού από πορφυρό μάρμαρο που βρίσκεται στην αυλή δίπλα από το Καθολικό κτίστηκε στην περίοδο του Δαπόντε (1783). Οι τοιχογραφίες της Τράπεζας, η οποία κατασκευάστηκε με χρήματα του ηγεμόνα της Βλαχίας Αλέξανδρου, ζωγραφίστηκαν στα μέσα του 19ου αιώνα από τους αγιογράφους Σοφρώνιο και Νικηφόρο από τη Σκήτη της Αγίας Άννας. Ευτυχώς τα βιβλία, τα λείψανα των αγίων και τα άλλα ιερά κειμήλια που ανήκουν στη Μονή, διασώθηκαν χωρίς ζημιές από τις καταστροφικές πυρκαγιές που συνεχώς ξεσπούσαν στη Μονή.
Οι πιο πρόσφατες πυρκαγιές ξέσπασαν το 1952 και το 1974. Οι ζημιές στη νοτιοδυτική πτέρυγα από την τελευταία πυρκαγιά δεν έχουν ακόμη επιδιορθωθεί.
Στη βιβλιοθήκη, που στεγάζεται πάνω από το νάρθηκα, διατηρούνται 409 χειρόγραφα, μεταξύ των οποίων 20 περγαμηνές και πάνω από 4.000 έντυπα βιβλία.
Στο σκευοφυλάκιο της Μονής φυλάσσεται το μεγαλύτερο γνωστό κομμάτι του Τίμιου Ξύλου, στο οποίο διακρίνει κανείς μια τρυπά από καρφί.
