Σαν κτίσμα, όπως είναι σήμερα, κτίσθηκε το 1841 επι της εποχής του αειμνήστου μητροπολίτου Ξάνθης Ευγενίου. Οι δαπάνες καλύφθηκαν από χρήματα που συγκέντρωσαν οι κάτοικοι με εράνους. Σημαντική υπήρξε η οικονομική υποστήριξη των καπνεμπόρων της Ξάνθης. Αλλά προϋπήρχε στην ίδια θέση πολλές εκατοντάδες χρόνια νωρίτερα και καταστράφηκε απο δύο φοβερούς σεισμούς που έπληξαν το μοναστήρι και την πόλη το 1829.
Για την παλαιότερη ζωή του μοναστηριού δυστυχώς δεν έχουμε πολλές πληροφορίες. Το μόνο ενδεικτικό στοιχείο απο πλευράς κτισμάτων είναι μια κρύπτη του μοναστηριού που βρίσκεται πίσω και κάτω απο το ιερό βήμα του η οποία ανάγεται στα 1000 εώς 1100 μ.Χ.
Αλλά την έλλειψη των πληροφοριών απο επιγραφές ή άλλες πηγές έρχονται να φωτίσουν κάπως ορισμένες σημειώσεις και ενθυμήσεις που καταχωρήθηκαν κατά καιρούς σε διάφορα εκκλησιαστικά βιβλία απο τους μοναχούς του.
Απο αυτούς λοιπόν τους κώδικες και τα εκκλησιασπκά βιβλία πληροφορούμαστε ότι το μοναστήρι υπήρχε και έφερε το ίδιο όνομα ακόμα και κατά το 1559, Έτσι σε ένα κώδικα υπήρχε η ενθύμηση : "Το παρόν μηνιαιον εστίν της υπεραγίας Θεοτόκου της κεκλημένης Αρχαγγελιότισσας, άνωθεν της πόλεως Ξάνθης".
Απο που ακριβώς πήρε το ονομά το μοναστήρι είναι άγνωστο. Κατά μια εκδοχή το πήρε απο την μικρή θαυματουργή εικόνα του 16ου αιώνα μ.Χ. που παριστάνει την Θεοτόκο να παραστέκεται απο τους αρχαγγέλους Γαβριήλ και Μιχαήλ και η οποία εχει την επιγραφή: Αρχαγγελιώτισσα. Είναι δυνατό όμως ο ζωγράφος να εμπνεύσθηκε την εικόνα απο την ονομασία του μοναστηριού.
Παράλληλα με την ονομασία Αρχαγγελιώτισσα εκεινα τα χρόνια - ίσως και απο πιό μπροστά - το μοναστήρι αυτό λεγόταν και Παναγία η Χαλκαλιώτισσα.
Επίσης, άλλη μια ονομασία του Μοναστηριού είναι και η Σαμακωβιαvή, επειδή κτίστηκε από κατοίκους της συvοικίας Σαμακώβ.
Το 1913 μ.Χ., κατά την Πρώτη Βουλγαρική Κατοχή, τα κειμήλια της Μονής αφαιρέθηκαν και μεταφέρθηκαν στη Σόφια.
Σήμερα, η Μονή είναι ανδρώα και στην ανατολική της πτέρυγα στεγάζεται το Εκκλησιαστικό Μουσείο της Μητροπόλεως Ξάνθης.
http://www.imxanthis.gr
