Όσο για την ονομασία «Βροντιανή», αυτή προέρχεται α) από τη λέξη Βροντά, που ήταν μια πλούσια οικογένεια, πού έδωσε το όνομα της στη περιοχή μεταξύ Κοκκαρίου και Βαθέος, β) γιατί φυσάει δυνατός άνεμος, ο λεγόμενος σιρόκος, που συνοδεύεται με βροντές, ή γιατί την ημέρα της γιορτής (8 Σεπτεμβρίου) αρχίζουν συνήθως οι πρώτες βροχές με βροντές και αστραπές που αντηχούν πολύ δυνατά στις κορυφές νοτίως της Μονής και γ) «Κοκκαριανή», γιατί βρίσκεται κοντά στην κωμόπολη Κοκκαρίου.
Η Παναγία η Βροντιανή είναι το αρχαιότερο μοναστήρι του νησιού και ανοικοδομήθηκε από 2 αδέλφια, τον Ιάκωβο και τον Μακάριο το 1566 μ.Χ., πάνω στα θεμέλια μιας αρχαιότερης εκκλησίας ή ίσως ενός άλλου μοναστηριού, γιατί εκεί κοντά υπάρχουν ερείπια μιας μεγάλης οικοδομής, που ο κόσμος την λέει Παληομονάστηρο.
Ο Τουρνεφόριος αναφέρει πως το 1702 είδε εδώ έναν καλόγερο, 120 ετών που ακόμα εργάζονταν κόβοντας ξύλα και επιστατώντας τον μοναστηριακό μύλο, και ο οποίος δεν είχε πιει ποτέ στη ζωή του ούτε κρασί, ούτε άλλο ποτό, εκτός από καθαρό νερό. Εδώ, το Νοέμβριο του 1883 απεβίωσε ο καλόγερος Νεκτάριος Κατσίμπαλης, από τους Βουρλιώτες, ο οποίος καλογέρεψε στη Βροντιανή 97 χρόνια και διατηρούσε μέχρι τέλους τις αισθήσεις του, εκτός από την όραση.
Η Μονή πέρασε πολλές δυσκολίες. Το 1821, ενώ επέστρεφε από το Βαθύ ο ηγούμενος της Βροντιανής Νείλος δολοφονήθηκε, ενώ το 1850 8 κακούργοι μπήκαν στο μοναστήρι από μια τρύπα και συνέλαβαν τον τότε ηγούμενο Δανιήλ και τον μετέφεραν στους Μανωλάτες, όπου τον υπέβαλαν σε πολλά βασανιστήρια και έπειτα τον έθαψαν ζωντανό.
Στην εισόδου του μοναστηριού υπάρχει ένα λιτό καμπαναριό του 1812. Στο εσωτερικό του Ναού υπάρχει ένα επιχρυσωμένο τέμπλο του Καθολικού, διακοσμημένο με παραστάσεις από την Αγία Γραφή, ενώ οι φορητές εικόνες του, είναι έργα των αγιογράφων του 18ου και 19ου αιώνα. Ξυλόγλυπτος και επιχρυσωμένος είναι και o δεσποτικός θρόνος, χρονολογούμενος το 1703.
Η Μονή διέθετε πολλές τοιχογραφίες, ωραίο ξυλόγλυπτο τέμπλο και μεγάλη συλλογή από ιερά σκεύη που όμως χάθηκαν από την μεγάλη και καταστροφική πυρκαγιά το καλοκαίρι του 1999 μ.Χ. Από τις άλλοτε θαυμάσιες τοιχογραφίες διατηρούνται ελάχιστες μέσα στο ιερό Βήμα και σε δύο, από τα τόξα του τρούλου.
Το πιο εντυπωσιακό, ίσως, ιερό κτίσμα της μονής είναι το μικρό εκκλησάκι, βυζαντινού ρυθμού προς τιμήν της Μεταμορφώσεως του Σωτήρα, που βρίσκεται στη νοτιοανατολική πτέρυγα, το οποίο έχει ξυλόγλυπτο τέμπλο που όπως λέγεται είναι έργο του Σαμίου ζωγράφου Ανδρόνικου.
